北京市第四十三中学创建于1947年6月19日，前身系北京私立惜阴中学。初建时校址在和平门外西琉璃厂八角琉璃井3号，占地6.25亩。创办人王耀庭为惜阴中学第一任校长，由当时的社会名流和军政要员，医学科学专家组成了校董事会，确立了“救济失学青年，普及中等教育”的办学宗旨。
1949年1月31日北平解放，人民政府接管了惜阴中学，成立了新一届董事会，推举张长序为第二任惜阴中学校长。
1952年9月23日，北京市政府将惜阴中学收编为国有市立中学，并颁名为“北京市第四十三中学”，当时的彭真市长亲自任命张长序为北京市第四十三中学校长，张世龄为教导主任。
当年的四十三中学虽然有了较大的改善，但办学条件仍很艰苦，三幢平房教室，一座二层小楼，楼上是办公室，楼下是教室，中间是一块小操场。然而在党的领导下全体师生员工，艰苦奋斗，白手起家，同心同德，共建家园，学校得到了飞快发展，教育教学质量飞速提高，1956年7月初三年级8个班340名学生参加全市统考数学平均成绩92.6分，名列全市第一，为此四十三中学数学教研组受到全市的通报嘉奖。杨开英（杨开慧烈士之堂妹）为该校教导主任。
由于四十三中学全面贯彻党的教育方针，认真落实市政府“五四”决定，即：《提高北京市中小学教育质量的决定》，不但教育教学质量突飞猛进，而且勤工俭学等社会公益活动也如火如荼，为此《人民日报》曾发表题为“自力更生、艰苦奋斗白手起家”的专题报道。
1959年首届高中毕业生，高考成绩位居全市第14位，100%通过一级劳卫制。
1960年四十三中学被评为“北京市红旗单位”，万德琦老师被评为全国“三八红旗手”，校长张世龄应邀参加了国庆招待会，受到党和国家领导人的亲切接见。《北京日报》以“教育跃进之花——北京四十三中在成长”为题对四十三中学的办学成绩进行了专题报道。
党的十一届三中全会以来，随着党的工作重心的转移，广大教师继承和发扬了四十三中艰苦奋斗的优良传统，工作不断进取，1978年被确定为北京市田径、篮球传统校。
从1979年开始，学校首先抓初中工作，健全教学过程管理，稳定提高质量，从1982年至今，初中中考成绩始终保持了同类学校先进水平，不少学科成绩超过了一些市、区重点学校。1983年校长梁心彝在北京市校长会上介绍“我们是怎样抓好初中工作的”，并刊登在当年的《北京教育杂志》上；1984年该校代表北京市唯一一所普通中学参加全国普教工作会议。1988年英语中考成绩全区第一，俄语全市第一。在初中稳步发展的同时，1985年开始高考成绩一直稳定在宣武区前几名，超过一些区重点学校，升学率稳定在90%以上。
1987年被确定为全国德育大纲试点校，同年学校红十字会被评为全国优秀红十字会，94年被评为北京市红十字会标兵校。
90年代，学校德智体美劳全面发展，各项工作均走在各校前列；《北京电视台》《北京晚报》《北京教育电台》《光明日报》《北京青年报》先后报道学校德育特色、为贫困山区失学儿童、内蒙希望工程捐款、献爱心、拾金不昧、主题教育等活动；91年市教育局授予该校“北京市‘四校’教育标兵校。93年3.4.北京日报《雷锋精神永驻四十三中》为题，报道该校学雷锋活动；该校被评为宣武区学雷锋先进集体。
1994年4.7.北京电视台采访杨福来校长，并在《七色光》栏目中播放学校办学思想《坚持“四全”原则，全面贯彻方针，争创一流水平，办出普校特色》。
学校1998年被命名为“北京市艺术传统校”，学校在初中开设了声乐、管乐和艺术特长班，为学校的艺术特长培养奠定了基础，并结出了丰硕成果。
2001年4月被市区政府外事办确定为“北京市重点对外参观单位”。
近年来，四十三中的教育、教学质量正在稳步提高，良好的校风校貌赢得了社会的普遍赞誉。2002年被宣武区政府定为“宣武区优质资源校”。
最近三年来，学校获市、区“精神文明”单位等十三项荣誉称号。多年来中、高考成绩始终保持宣武区前列。虽然近几年小学升初中实施电脑派位，生源质量没有任何优势，但我们的中考成绩始终保持在普通校第一的水平，且有两届中考状元、一届探花从这所普通校走出。高考成绩也是令人自豪的，上线率和平均分一直名列全区前茅，有些学科更是超过许多传统市区重点学校。
从 1979 年—— 2003 年学校获得“全国红十字先进集体”、“全国少年队报金奖学校” 等国家奖四项。 获得“五讲四美北京市文明单位”、“首都精神文明建设先进单位”、“北京市红旗团委” 等市级奖 20 项。
获得“宣武区文明单位”、“思想政治工作先进单位”、“宣武区行为规范达标校”、“宣武区先进党支部” 等区级奖 91 项。
2004 年被中国教育协会，中国教育报命名为“中国西部教育顾问单位”；同年被授予“宣武区文明单位”“宣武区教育系统食品卫生安全先进单位”；
2004 年、 2005 年学校共青团委两次被授予“宣武区五四红旗团委”学校教工团支部两次被授予“宣武区五四红旗团支部”。
2005 年被评为“宣武区中小学德育工作先进集体”同年被评为“首都文明单位”。
